北交所交易收费体感偏贵，并不是单一环节涨价，而是交易所固定规费更高、券商运营成本抬升，叠加流动性带来的隐性交易损耗多重因素共同造成的结果，很多短线交易者在频繁买卖之后，才会真切感受到成本带来的收益侵蚀，这也是当下市场投资者争论最多的痛点。很多刚开通北交所权限的投资者会下意识认为，只要自己和券商谈好了沪深市场的低佣金，北交所费率也会同步生效，实际上绝大多数券商对于北交所佣金都是独立设置，不会自动沿用主板佣金标准，如果没有单独向客户经理申请调整，账户默认佣金普遍维持在万三到万六区间，相比主板常见的万一点五到万二，初始费率就拉开明显差距。
在所有收费项目当中，最无法人为调整的硬性成本就是交易所经手费，这也是北交所收费更高最核心的底层原因。当前北交所股票经手费双向收取标准为万一点二五，而沪深A股市场经手费双向仅万零点三四一，二者之间存在接近三倍的差距，这笔费用直接上缴交易所，券商没有权限下调，不管投资者佣金谈得多低，这一笔开支都固定存在。印花税在北交所和沪深市场规则保持一致，都是卖出的时候单边收取万分之五，过户费双向万零点零一，这两项费用不会产生额外差异，所以同等成交额下，仅经手费一项，每一轮完整的买卖交易，北交所就要比主板多出一笔不小的固定支出，对于高频短线交易者，日积月累的成本消耗会非常可观。
券商端不愿意主动给到极低北交所佣金，则来自业务运营层面的现实考量。北交所拥有独立的交易系统、单独的行情通道，券商需要单独投入服务器、行情专线以及运维人员来保障北交所交易链路稳定，整套配套设施的固定成本无法依靠庞大的交易笔数摊薄。沪深市场每日成交体量巨大，海量交易订单可以把单均运维成本压到极低，而北交所整体日成交规模长期处在低位，交易订单数量有限，券商很难依靠走量来平衡成本，因此很多券商对于北交所佣金优惠意愿并不高，即便是愿意调低佣金，给到的底价空间也会比主板更小，另外投资者还要区分全佣与净佣，如果签订的是净佣模式，经手费还会在佣金之外额外扣费，很容易造成手续费比预期更高的情况。
还有一笔容易被普通交易者忽略的隐性成本，也就是流动性滑点，很多币圈习惯短线高频交易的投资者转到北交所之后最容易踩坑。北交所拥有五十万资产的开户门槛，合格投资者基数有限，不少中小市值个股盘口深度很差，买卖挂单之间价差较大，想要快速成交就需要接受更高的滑点损耗，这笔开销不会体现在交割单手续费栏目里，但实实在在增加了整体交易成本。短线频繁进出的时候，滑点加上显性手续费双重叠加，最终就会形成北交所整体交易开销很贵的直观感受，不少交易者只盯着佣金费率谈判，却忽视了流动性带来的额外损耗，在实际交易当中吃了不少亏。
